Pemimpin yang tertinggi di Desa adalah Kepala Desa yang dibantu oleh Sekretaris Desa dan staf-staf lainnya. Di Desa Sudaji telah dipilih sejumlah Kepala Desa yang telah menyumbangkan kemampuan dan pemikiran dalam mengendalikanb pemerintahan Desa Sudaji periode 1940 s/d sekarang sebagai berikut:
1. Made Putra : Periode tahun 1940 s/d 19452. Nyoman Sulendra : periode tahun 1945 s/d 1950
3. Made Arka : periode tahun 1950 s/d 1955
4. Wayan Winten : periode tahun 1955 s/d 1960
5. Ketut Kajar : periode tahun 1960 s/d 1965
6. I Gede Putru : periode tahun 1965 s/d 1970
7. I Made Mendra : periode tahun 1970 s/d 1975
8. Made Dana : periode tahun 1975
9. Ketut Nela : periode tahun 1975 s/d 1983
10. I Gede Putru : periode tahun 1983 s/d 1993
11. I Made Wenten : periode tahun 1993 s/d 1997
12. I Wayan Subaryana : periode tahun 1997 s/d 2007
13. I Komang Sudiarta : periode tahun 2000 s/d 2005
14. Drs. Gede Suardana : periode tahun 2005 s/d 2007
15. Gede Rahayudi.S.Sos : periode tahun 2008 s/d sekarang
Demikian sejarah singkat Desa Sudaji yang kami ketahui perkembangannya dari dulu sampai sekarang.
